Nella chiesa di San Giorgio, primo e originario luogo di sepoltura di San Francesco, situata appena fuori la porta omonima di Assisi, fu pensata e voluta anche la tomba di Santa Chiara, verso la parte opposta della città rispetto al luogo in cui era stata innalzata la Basilica in onore di San Francesco. 

A tre anni dalla morte e a un anno dalla canonizzazione di S. Chiara, iniziò nel 1257 la costruzione della chiesa e del monastero attiguo delle Clarisse, che dal 1212 avevano vissuto a S. Damiano. 

L’edificio è caratterizzato dall’esecuzione di tutto il corpo con fasce rosa e bianche di pietra del Subasio. L‘interno è strutturato con una navata unica che termina in un transetto con abside poligonale. 

Sulla navata, in prossimità del transetto, si aprono lateralmente le due cappelle: Sant’Agnese d’Assisi e San Giorgio, che non facevano parte dell’organico della pianta originale della basilica, ma furono aggiunte in epoca successiva. La Cappella di Sant’Agnese è diventata la cappella del SS. Sacramento. Mentre sul lato destro della basilica, nella cappella di San Giorgio, viene conservato il preziosissimo Crocifisso di S. Damiano che parlò a S. Francesco, consegnandogli la missione “riparare” la Chiesa. Nel transetto di sinistra della basilica, tavola con la Vita di S. Chiara del cosiddetto Maestro della S. Chiara (fine XIII sec.) 

L‘altare maggiore è racchiuso da un colonnato di 12 colonnine poligonali, opera di uno scalpellino umbro del XV secolo, con una cancellata in ferro battuto del XVIII secolo. Sopra l’altare maggiore campeggia la grandiosa croce sagomata (1255-1260), attribuita al cosiddetto “Maestro di Santa Chiara”, recentemente identificato con il pittore Benvenuto Benveni da Foligno 

Nel transetto di destra la tavola della Madonna della Cortina, bizantineggiante del tipo Hodighitria, cioè della Madre di Dio, XIII secolo, attribuita al Maestro della S. Chiara. 

Nella cripta, costruita nel 1850-72, ristrutturata nel 1935 in forme neogotiche, si conserva il sarcofago con il corpo di S. Chiara, ritrovato nel 1850. Di recente costruzione l’ambiente per esporre le reliquie di S. Francesco e di S. Chiara. 

Il servizio in Basilica e di Cappellania del Protomonastero è garantito dai Frati minori – della Provincia Serafica di San Francesco – che in questo luogo hanno da tempo costituito una piccola comunità.