Il Santuario nasce sul luogo in cui per secoli la tradizione ha indicato la casa di san Francesco. Finché nel 1615 i Frati Minori, con il contributo finanziario di Filippo III, Re di Spagna, la trasformarono in Chiesa e vi iniziarono la vita comune e l’ufficiatura della chiesa.

La chiesa è dedicata alla conversione del Poverello di Assisi (S. Franciscus conversus): infatti in essa si trova il sottoscala nel quale Pietro di Bernardone avrebbe rinchiuso il figlio dopo la fuga a Foligno per vendere stoffe e riparare con il ricavato la chiesa di san Damiano.

È possibile visitare anche il fondaco dove il giovane Francesco si impegnava con il padre nell’esercizio della mercanzia. Le finestre sono impreziosite con vetri istoriati realizzati dal frate minore p. Alberto Farina (1975).

Sulla piazzetta antistante la Chiesa, sono state collocate due statue dello scultore Joppolo che raffigurano i genitori di san Francesco, il cui ricordo viene celebrato la seconda domenica di settembre di ogni anno, con la “Festa della famiglia di Francesco”.

Nel convento di Chiesa Nuova è stata collocata una importante Biblioteca Storico-Francescana che raccoglie numerosi manoscritti (codici miniati, bolle papali, cronache), incunaboli e cinquecentine. Ospita pure un piccolo Museo di oggetti francescani sistemato in quella che fu l’abitazione del pittore assisano Tiberio Diotallevi (1470-1524).

La Fraternità che vi abita affianca al servizio pastorale e culturale e di accoglienza in Santuario, il servizio di cappellania per le sorelle Clarisse del Monastero di S. Quirico.