La Chiesa, sorta tra l’VIII e il IX secolo sui resti di un antico edificio, era in stato di precarietà quando Francesco la restaurò, accogliendo l’invito del Crocifisso: «Va’ e ripara la mia chiesa che come vedi è in rovina» (1205).

Egli presagì che tale luogo sarebbe diventato l’abitazione di Chiara e delle Povere Dame di San Damiano (Clarisse), che qui vissero dal 1211 al 1260.

Qui Francesco, nel 1225, compose il Cantico delle Creature, inno di gratitudine a Dio, ponendosi da fratello tra le creature divenute sorelle.

Accanto alla semplice chiesetta, dal lontano 1260 si perpetua la presenza di una comunità di Frati minori.

Si entra nella chiesa dal lato destro, attraverso la Cappella di San Girolamo, ritenuta parte della primitiva abitazione dei frati che avevano ricevuto da Francesco il compito di assistere la comunità delle Clarisse.

Tra il 1517 e il 1522 Tiberio d’Assisi vi realizzò l’affresco della Vergine in trono con Santi.

Si passa per la Cappella del Crocifisso che custodisce una scultura lignea del 1637 di frate Innocenzo da Palermo. Nel momento dell’agonia, il volto di Gesù emana divina serenità e suscita una commossa partecipazione al suo dolore salvifico.

Accanto alla semplice chiesetta, dal lontano 1260 si perpetua la presenza di una comunità di Frati minori.

Il convento, dopo la soppressione italiana, fu riscattato da Lord Ripon nel 1879, e ceduto in proprietà alla Curia Generalizia dei Frati Minori nel 1983. Attualmente è sede di Noviziato.