San Francesco raggiunse Stroncone – un piccolo paese a pochi km da Terni – nel 1213. Gli fu offerta una Cappella, dove, nel 1228, secondo il Gonzaga, fu costruito il primo convento dedicato a Santa Maria. Abbandonato successivamente, venne ripreso da Paoluccio Trinci e nel 1550 prese il nome di San Francesco. Vi hanno abitato i santi Bernardino da Siena, Giacomo della Marca, Giovanni da Capestrano. 

All’esterno della chiesa furono costruite due cappelle dedicate rispettivamente a sant’Antonio abate e sant’Antonio da Padova. Quest’ultima era stata edificata a spese di tutto il popolo per particolari grazie ricevute. Qui fu chiamato a dipingere Tiberio d’Assisi che, nel 1509, vi affrescò la Madonna con Bambino, tra i santi Antonio da Padova, Girolamo, Michele arcangelo e Bonaventura. 

Nei successivi ampliamenti del convento importante quello riguardanti la biblioteca la quale già nel 1650 aveva una buonissima reputazione in quanto alla quantità di libri custoditi. 

Sono nativi di Stroncone: San Ottone, protomartire francescano; il Beato Giovanni Vici, che successe a Paoluccio Trinci nella direzione dell’Osservanza e il Beato Antonio Vici. Questi morì a San Damiano in Assisi nel 1461, ma nel 1809, col favore dei francesi, il suo corpo – rimasto intatto – fu trasportato nella chiesa francescana di Stroncone ove gode di grande devozione presso i suoi paesani. 

Attualmente la Fraternità che abita il Convento svolge il servizio di Santuario, Casa di Accoglienza Spirituale, servizio parrocchiale e Cappellania del Carcere.