Voluta da papa Pio XII, preoccupato per la mancanza di una parrocchia per il gran numero di gente che popolava la zona tra le mura Vaticane e l’Aurelia antica, la costruzione della chiesa di San Gregorio VII, inizia il 30 marzo 1958 quando viene posta la prima pietra, nel luogo dove sarebbe sorto l’altare maggiore. 

Il 18 marzo del 1961 fu inaugurata la cripta della nuova chiesa dove, fino al completamento di tutto l’edificio sacro, sono state celebrate le Sante Messe. Nei primi giorni del gennaio 1964 viene trasferito nella chiesa un presepe napoletano del ‘700, di proprietà dei baroni Grisolia di Napoli. 

Il 17 aprile del 1969 il papa san Paolo VI conferisce alla parrocchia il titolo cardinalizio e il primo maggio dello stesso anno il cardinale Eugenio De Araujo Sales ne ha preso possesso. 

Dal 1970 l’amministrazione della parrocchia fu affidata alla provincia romana di SS. Apostoli Pietro e Paolo. Il primo aprile è stato consacrato il nuovo altare della cappella del Santissimo Sacramento. 

Il 27 aprile del 1986 il papa san Giovanni Paolo II ha visitato la parrocchia ed ha incontrato i giovani del quartiere. 

Dal primo luglio del 2015 la Parrocchia è affidata alla Provincia Serafica di san Francesco dei Frati Minori di Umbria e Sardegna.