La fondazione della chiesa (nel sito di un antico villaggio chiamato Silki), in origine annessa a un’abazia di Benedettine, è compresa tra gli anni 1065 e 1082, stando al Libellus Judicum Turritanorum. Il toponimo Silki, ancora privo di etimologia certa, potrebbe rifarsi ai lecci che un tempo formavano un bosco sulla collinetta (ce ne danno testimonianza alcuni alberi secolari).

Del villaggio di epoca medievale restano poche tracce. Sopravvive al tempo la chiesa di san Pietro in Silki, per alcuni studiosi chiesa dell’omonimo villaggio, per altri cappella regia dei Giudici di Torres, accanto alla quale venne costruito all’inizio del XII secolo un monastero per le Benedettine, come attestato nel Condaghe di San Pietro di Silki, documento redatto nel monastero e prezioso registro in lingua sarda.

L’edificio venne riedificato in stile romanico nel XIII secolo, e a quest’epoca risalgono le poche parti della chiesa risparmiate dalle successive riedificazioni, effettuate tra il XV e il XVII secolo. 

Ufficialmente il monastero di Silki passò ai francescani (nello specifico i frati Minori osservanti) nel 1467, concesso loro dall’arcivescovo Antonio Cano e dalle autorità cittadine.

Quando nel 1284 Genova riprese il controllo della città di Sassari, allora in mano pisana, il Comune si impegnava a cacciare entro tre mesi i pisani presenti nel suo territorio; anche le monache, dipendenti dal monastero di S. Maria di Vasta, erano interessate al decreto di espulsione, tuttavia abbandonavano la loro sede soltanto nel 1355. Nei primi del XV secolo l’arcivescovo turritano assegnava il convento ad un gruppo di Frati Minori che, staccatosi probabilmente dal convento di S. Maria di Betlem per fondare una nuova comunità, ne otteneva la concessione ufficiale nel 1467.

A seguito del prodigioso ritrovamento dell’effige della beata Vergine delle Grazie ad opera del beato Bernardino da Feltre († 1494), la chiesa di san Pietro è divenuta un attrattivo luogo di culto mariano.

Ciò che rende questa chiesa un santuario è la radicata venerazione alla Vergine delle Grazie e la custodia del cuore di San Salvatore da Horta.

La comunità religiosa a cui è affidata oggi la custodia e l’animazione del santuario cerca di impegnarsi nella pastorale ordinaria ma anche nelle nuove forme di evangelizzazione; è impegnata inoltre nell’opera caritativa dell’Associazione Mondo X – Sardegna, nell’assistenza all’OFS e in altri vari incarichi.