Il convento fu fondato nel 1897 dal padre Ferdinando Diotallevi. 

La costruzione della chiesa ebbe inizio nel 1898 e fu promossa dai frati francescani, che nella seconda metà dell’Ottocento furono espropriati dei propri averi, tra cui il convento al fianco della chiesa di San Francesco (oggi, come in origine, dedicata a sant’Agata). 

I lavori procedettero con grandi difficoltà economiche e vennero spesso interrotti. La chiesa venne ultimata nel 1904 con la costruzione del campanile e il 27 dicembre dello stesso anno consacrata da monsignor Balestra e dedicata a sant’Antonio di Padova. 

Il 19 dicembre 1954 la chiesa fu elevata al rango di parrocchia, la terza della città. 

Vi si svolge l’attività pastorale parrocchiale e di Infermeria Custodiale.