Juan de Prado nacque nel 1563 a Morgovejo, Léon, da una nobile famiglia spagnola. Frequentò l'università di Salamanca e nel 1584 fece la sua professione religiosa nell'Ordine dei Frati Minori. Rivevuta poi l'ordinazione presbiterale, in un primo tempo fu inviato nel suo paese d'origine a predicare. Prestò servizio presso diverse comunità in qualità di maestro dei novizi ed in seguito come guardiano. Da quest'ultimo incarico fu poi però rimosso in seguito ad una falsa accusa rivoltagli nonostante la santità di vita e l'umiltà che lo contraddistinguevano. Stabilita definitivamente la sua innocenza, nel 1610 poté così essere eletto ministro della costituenda provincia di San Diego.

Nel frattempo cresceva nel suo cuore il desiderio di poter dedicare all'annuncio del Vangelo ai pagani, in una delle tante missioni già esistenti a quel tempo sparse per il mondo.

Quando nel 1613 la peste imperversò in Marocco, sterminò tutti i suoi confratelli impegnati nella difficile missione con la locale popolazione mussulmana. Con la necessità di rimpiazzare questa triste perdita, Juan poté realizzare il suo sogno ed il papa Urbano VIII non esitò a nominarlo missionario apostolico ed a conferirgli poteri speciali. Giunto sul luogo iniziò dunque con due compagni ad occuparsi degli schiavi cristiani.

Le autorità locali intimarono loro di lasciare il paese, ma i tre francescani non demorsero e proseguirono nella loro attività.

Furono allora arrestati presso Marrakech, imprigionati e destinati alla frantumazione del salnitro, minerale per la fabbricazione della polvere da sparo. Condotti dal sultano, non esitarono a professare la loro fede cristiana e vennero perciò flagellati e rigettati in prigione. In un successivo interrogatorio pubblico, ignorando la presenza del sultano Juan rivolse le sue attenzioni ad alcuni apostati presenti. Mulay al Walid lo colpì allora scaraventandolo a terra, fu trafitto da due frecce ed arso vivo.

Travolto dalle fiamme, perseverò nell'esortare i carnefici alla sequela di Cristo, ma uno di loro si spazientì fracassandogli la testa con una pietra.

Il pontefice Benedetto XIII beatificò Juan de Prado il 24 maggio 1728, riconoscendone ufficialmente il martirio “in odium fidei”.

Il nuovo Martyrologium Romanum lo ricorda così al 24 maggio: “In Marocco, ricordo del Beato Giovanni di Prado, presbitero dell'Ordine dei Frati Minori e martire, che, mandato in Africa a prestare assistenza spirituale ai cristiani costretti in schiavitù nei regni degli infedeli, testimoniò coraggiosamente la sua fede di fronte al despota Mulay al Walid, per ordine del quale venne quindi bruciato vivo, consumando così il suo martirio”.