Il Museo della Porziuncola è sorto negli anni venti del Novecento su iniziativa di alcuni frati che decisero di dare vita ad una raccolta che valorizzasse quelle “opere d’arte dimenticate” e all’epoca custodite in diversi ambienti della Basilica, per cui scelsero come sede i locali del primitivo convento sopravvissuti alla costruzione del grande Santuario. Fu riallestito in occasione del grande Giubileo del 2000 secondo i moderni criteri espositivi, seguendo un ordine cronologico che consentisse al visitatore non solo di ripercorrere la storia della comunità francescana ma anche il legame profondo con le opere d’arte esposte.

Il Museo è diventato, quindi, parte integrante dell’itinerario dei pellegrini e dei turisti che, dalla Porziuncola al Transito e alla Cappella delle Rose, visitano le memorie di san Francesco presso la Basilica Papale di Santa Maria degli Angeli. Il percorso espositivo si articola su sei sale contraddistinte ognuna da una tematica: La Porziuncola nel periodo pre-francescano, Alle origini della spiritualità francescana, La Porziuncola durante l’Osservanza francescana, La Vergine Maria alla Porziuncola, La Basilica Alessiana, La parziale riedificazione del 1840 e L’Antico Conventino.

Le stanze ospitano le opere che hanno valorizzato il museo in particolare: il Crocifisso di Giunta Pisano (1236 ca.), primo esempio in Italia di Crocifisso patiens in una croce monumentale; il San Francesco e Angeli del Maestro di San Francesco (1260 ca.); una tavola raffigurante San Francesco attribuita a Cimabue (1290 ca.); la cosiddetta Maestà di san Damiano attribuita al Maestro della Croce di Gubbio (ante 1306); la Madonna del Latte, una notevole scultura in pietra policroma della fine del XIV secolo, proveniente dal tempietto posto sulla sommità della facciata della Porziuncola.

Sulla base di disegni realizzati dal pittore bolognese Francesco Providoni nel 1687 e di una serie di incisioni ottocentesche è ricostruito l’arredo dell’altare della Santa Cappella, così come si presentava fino agli inizi del Novecento: fino a quegli anni, infatti, l’immagine mariana della Pala di Prete Ilario da Viterbo era occultata quasi per intero da una grande lastra d’argento e veniva mostrata ai fedeli solo durante le maggiori festività dell’anno. Sono inoltre esposti preziosi paramenti liturgici, tra i quali un piviale di fine ̕ 500 decorato con figurazioni di tema mariano; un paliotto d’altare del ̕ 600 con al centro la figura di Cristo che concede a San Francesco l’Indulgenza del Perdono; un pregevole dossale in terracotta invetriata, opera magistrale di Andrea della Robbia (1475 ca.).

All’interno del museo è possibile visitare anche il Conventino medievale, ovvero ciò che resta delle antiche celle dei frati, ripristinato nel 1923 con il fuoco comune e 17 cellette intitolate a santi e beati che dimorarono alla Porziuncola. Il Conventino è attualmente utilizzato come suggestiva sede di mostre temporanee di arte sacra.