Bonaventura nacque nel 1217 a Civita Bagnoregio, cittadina presso Orvieto, nell'antica Tuscia romana. Suo padre, Giovanni Fidanza, era medico. Nel 1226 fu miracolosamente guarito da san Francesco, come egli riferirà nella "Leggenda minor": «Io stesso, che ho descritto i fatti precedenti, ne feci l'esperienza diretta nella mia persona. Ancora fanciullo ero gravemente infermo; bastò che mia madre facesse un voto per me al nostro beato Padre Francesco e fui strappato alle fauci della morte e restituito, sano e salvo, alla vita». Dopo aver compiuto i primi studi nella città nativa, passò all'università di Parigi per lo studio della filosofia, laureandosi in Arti nel 1242. A 25 anni abbracciò l'Ordine Francescano, cambiando il nome di battesimo, Giovanni, con quello di Bonaventura.

Studiò Teologia sotto Alessandro di Hales, suo magister et pater, ed altri maestri nel convento e studio francescano di Parigi. Nel 1253 conseguì la licenza e il magistero (titolo, però, che gli venne riconosciuto più tardi, il 12 agosto 1257, per l'atteggiamento di opposizione assunto dai maestri parigini contro i mendicanti).

Insegnò nello stesso studio parigino in qualità di baccelliere biblico e sentenziario e poi di maestro reggente dello stesso studio, succedendo a Guglielmo Melitona. Nel febbraio del 1257 fu eletto, a soli 40 anni, ministro generale dell'Ordine, carica che conserverà fino all'anno 1274, anno della sua morte, dando esempio mirabile di sapienza, prudenza, spiccato equilibrio, tanto propizio in un momento difficile di assestamento dell'Ordine, da meritargli, per la sua opera moderatrice e costruttiva in piena fedeltà allo spirito di san Francesco, il titolo di “secondo fondatore dell'Ordine francescano”.

Fu molto solerte nell'assecondare e promuovere le varie attività già esistenti nell'Ordine sul piano degli studi, del ministero pastorale, della predicazione, dell'apostolato missionario, per la Crociata e per l'unione della Chiesa greca. Per suo merito l'Ordine, nonostante i suoi circa 30 mila frati, si conservò saldamente unito. Viaggiò molto per le necessità dell'Ordine e incarichi pontifici, sia in Italia che in Francia, portandosi anche in Inghilterra, in Fiandra, in Germania, in Spagna. Predicò ovunque al popolo e in modo speciale agli ecclesiastici, alle monache, all'università di Parigi, dinanzi alla corte di Francia, ai vari papi in Concistoro e, finalmente, al Concilio di Lione (1274).

Nelle Quaresime del 1267 e 1268, riprendendo di nuovo contatto con la scuola, intraprese la grande lotta contro gli Averroisti, di cui si ha saggio nelle Collationes sul Decalogo e sui Doni dello Spirito Santo, lotta che continuerà nel 1273 con le Collationes in Hexaémeron, rimaste incompiute per la sua morte. Il 28 maggio 1273 Bonaventura fu eletto cardinale e vescovo di Albano, avendo già declinato nel 1265 l'arcivescovado di York. Dal novembre 1273 attese alla presidenza dei lavori preparatori e poi alla celebrazione del Concilio Ecumenico Lionese II (1274), predicandovi il 26 maggio e il 29 giugno. Il 19 maggio dello stesso anno, nel Capitolo generale celebratosi a Lione, Bonaventura si dimise da ministro generale dell'Ordine.

Si adoperò in Concilio per l'unione dei Greci, che fu effettivamente raggiunta. Ma, estenuato dalle fatiche sostenute, il 7 luglio 1274 si ammalò gravemente e il 15 dello stesso mese morì. Il corpo fu sepolto nella chiesa di San Francesco a Lione. Fu canonizzato da Sisto IV nel 1482, mentre Sisto V, il 14 marzo 1588, lo annoverò «inter praecipuos et primarios» Dottori della Chiesa (latina), sesto accanto a San Tommaso d'Aquino.