A mezza costa tra la pianura e la collina di Assisi, il santuario di San Damiano, rappresenta una delle mete dello spirito più significative per chi desidera sostare in pace in un luogo ove si respiri tutta l’atmosfera del primitivo francescanesimo. Chi vi giunge si trova all’improvviso in un ambiente che lo attrae per le sue umili caratteristiche e per la forza delle sue pietre, come un incontro con un vecchio amico che può narrare la sua secolare storia con la genuinità di chi l’ha vissuta.

Dell’origine storica della chiesa di San Damiano, tranne le numerose supposizioni più o meno verosimili, nessuno storiografo ha saputo dire alcunché di preciso. La troviamo nominata in un istrumento del 1030 ma, a parere di numerosi studiosi, bisogna risalire molto più indietro per trovare l’origine di San Damiano, in periodi che oscillano tra il VII e il XI secolo. In tale incertezza ci si è industriati almeno a cercare l’origine del nome del santo al quale la chiesa è dedicata. Si è pensato a San Damiano medico e martire, la cui devozione, insieme a quella del fratello Cosma, si diffuse in occidente dalla Cilicia, da dove erano oriundi, in seguito alla traslazione delle loro reliquie a Roma tra il 440 e il 470.

Si è supposto anche a un martire locale, la cui devozione si è diffusa tra la gente umbra. Probabilmente la chiesa fu edificata per volere del vescovo di Assisi, dato che, almeno nel secolo XIII, ne aveva la proprietà; oppure può essere stata voluta da un privato per un voto e successivamente elargita in dono ai vescovi assisiati insieme al terreno annesso. Questa la “preistoria” della chiesa di San Damiano, di quello cioè che non ha fondamento documentario e tantomeno dati certi.

La “vera” storia di San Damiano inizia verso l’anno 1205 quando il giovane Francesco, ancora convalescente, vi scende a cercare una risposta alla sua ansia. Riportiamo quanto il suo primo biografo, Tommaso da Celano, descrive: «Un giorno passa presso la chiesa di San Damiano, quasi distrutta e da tutti abbandonata. Vi entra per un impulso dello Spirito a pregare; si prostra supplice e devoto dinanzi al Crocifisso e, toccato da insolita grazia, si trova diverso da come vi era entrato.

L’immagine del Crocifisso - cosa inaudita nei secoli - parla a lui così trasformato con labbra che sono soltanto dipinte e lo chiama per nome. Gli dice: “Francesco, va e ripara la mia casa che come vedi minaccia rovina”. Il giovane si riempie di stupore e quasi perde i sensi; ma immediatamente si dispone all’obbedienza tutto concentrato in quel comando (...) Da quel momento si imprime nella sua anima santa la compassione del Crocifisso e, come si può devotamente pensare, le venerande stimmate della passione, benché non ancora nella carne, gli si imprimono profondamente nel cuore» (2 Cel 10).

In quel tempo, il complesso era presumibilmente formato da quella parte che oggi è detta infermeria di Santa Chiara, dalla chiesa, nei limiti della volticina bassa, e da un altro braccio di edificio che si prolungava in direzione della chiesa e dietro di essa. Dev’essere antichissima anche la costruzione sovrastante a quella descritta, adibita in seguito da Santa Chiara a oratorio, mentre è da rimandarsi a un secondo periodo la struttura superiore a questa, che fu il laboratorio delle monache.