Uscendo dalla chiesa di San Damiano – in Assisi – e proseguendo in direzione della sacrestia, si trova il sepolcreto: si pensa sia stato compreso entro la clausura al tempo della permanenza delle claustrali. Qui furono sepolte le monache che morirono nel periodo prima della morte della Santa, tutte in concetto di santità. Tra loro è da ricordare la beata Ortolana, madre di Chiara, morta a San Damiano prima del 1238.

Lasciando il sepolcro, dalla parte opposta alla sacrestia, scendendo per alcuni gradini, si entra nel coro di Santa Chiara, qui sistemato dopo i restauri. A chi vi sosta anche per pochi istanti, non può sfuggire l’austerità dei semplici e poveri stalli del coro i quali parlano da soli dell’eccellenza di madonna Povertà tanto amata.

Lasciandosi alle spalle il coro, il sepolcro e la sacrestia, si salgono le scale attraverso le quali le monache scendevano per recarsi in coro, giungendo nell’oratorio di Santa Chiara. In questo luogo attrae l’attenzione un’apertura nel muro che fungeva da ciborio, qui la Santa conservava l’Eucaristia.

Si sa che Santa Chiara conservava il Sacro Corpo in questa cappella, in una cassetta di avorio alta e larga circa un palmo, la quale conteneva a sua volta una cassetta di argento col suo prezioso contenuto.

È qui che avvenne il miracolo della liberazione dai “saraceni” nell’anno 1240 grazie all’intervento della Santa; in questi termini ne parla Tommaso da Celano: «In quel periodo travagliato che la Chiesa attraversò in diverse parti del mondo sotto l’impero di Federico, si ebbe nella valle spoletana la presenza di schiere di soldati saraceni per devastare gli accampamenti e le città. E una volta, durante un assalto nemico contro Assisi, i saraceni irruppero nelle adiacenze di San Damiano entro i confini del monastero, anzi fin dentro al chiostro delle vergini. Si smarriscono per il terrore i cuori delle donne, le voci si fanno tremanti per la paura e recano alla Madre i loro pianti.

Ella, con impavido cuore, comanda che la conducano, malata com’è , alla porta e che la pongano di fronte ai nemici preceduta dalla cassetta di argento racchiusa nell’avorio, nel quale era custodito con somma devozione il Corpo del Santo dei Santi. Tutta prostrata in preghiera al Signore, nelle lacrime parlò al suo Cristo: “Ecco, o mio Signore, vuoi tu forse consegnare nelle mani di pagani le inermi tue serve, che ho allevato per il tuo amore ? Proteggi Signore, ti prego, queste tue serve, che io ora, da me sola, non posso salvare”. Subito una voce come di bimbo risuonò alle sue orecchie dalla nuova arca di grazia: “Io vi custodirò sempre”. Mio Signore - aggiunse - proteggi anche, se ti piace, questa città, che per tuo amore ci sostenta”. E Cristo a lei: “Avrà travagli ma sarà difesa dalla mia protezione» (Leg S.Ch, 21-22 ).

Uscendo dall’oratorio attraverso la porta laterale, salendo per le scale, si giunge nel dormitorio di Santa Chiara. Si tratta di un ambiente a forma rettangolare al di sopra della chiesa, rischiarato da due finestre e con una porta nel fondo, che dà fuori della facciata; di qui era possibile entrare e uscire dal monastero attraverso una scala “levatoia”.

Tornando al dormitorio, Il tetto si presenta con le capriate in vista così come fu rinnovato nel 1713 e da poco restaurato, come anche è stato rinnovato il mattonato. Questo non toglie però che ciascuno possa farsi un’idea giusta dell’ambiente primitivo e rievocare alla mente la povera e santa vita che le claustrali hanno condotto qui, dormendo su giacigli di legno con la sola copertura di un panno grossolano, poiché il sacco di paglia era concesso, secondo la Regola, alle sole sorelle inferme.